1917年1月22日出生于江苏常州。1937年毕业于北平燕京大学，获理学士学位，1942年毕业于北平协和医学院，获医学博士学位。1947-1948年在美国芝加哥大学进修。1949年在北京医学院建立泌尿外科，后又在协和医院协助重建泌尿外科。50年代初任北京市抗美援朝志愿军手术队队长。1960年3月在北京医学院第一医院做了国内第一例肾移植手术。不久又负责筹建北京第二医学院，并在中苏友谊医院建立泌尿外科。1965年印度尼西亚苏加诺总统授予他“伟大的公民”二级勋章。70年代在友谊医院建立肾移植基地，并在多所医学院领导临床、教学和科研工作，为泌尿外科研究所的发展和为成立学会、创办专刊做出了贡献。1987年获巴黎市政府最高荣誉奖章。现任第九届全国人民代表大会常务委员会副委员长，九三学社中央委员会主席，欧美同学会会长，中国计划生育协会副会长，中国科学院院士，中国工程院院士，中国科协名誉主席，中国医学科学院名誉院长，中国协和医科大学名誉校长，中华医学会名誉会长，国际计划生育联合会中央副主席、亚太地区主席，第三世界科学院院士，美国医师学院荣誉院士，比利时皇家医学科学院国外院士，英国爱丁堡皇家外科医师学院名誉院士，香港外科医学院院士，美国泌尿外科学会荣誉会员，国际外科学会荣誉会员。

    他在泌尿外科、男性计划生育等方面有突出贡献。对“肾结核对侧肾积水”的研究可使一些原无法挽救的肾结核患者得以恢复。确立了肾上腺髓质增生为一独立疾病。为国际医学界承认。对肾切除后留存肾代偿性增长的研究。纠正了对留存肾代偿能力长期存在的不全面的认识。在计划生育研究工作中，首次提出输精管结扎灌注远段精道技术，使手术即时产生避孕效果，在国际上居于领先地位。

    他从事医学教育工作达50年，极为重视青年医生的培养。吴阶平努力提倡性教育，尤其提倡青春期的性教育。60年代受周恩来总理指示向青少年介绍性知识。他先后撰写了数十篇性教育论文，并为性医学的普及、提高和发展做了大量工作。70年代他撰写了《破封建思想，闯性教育禁区》、《有关生殖器官的生理卫生知识对孩子不能回避》等文。80年代初发表了《谈健康的性生活》、《和青年朋友谈谈性知识》、《关于性知识介绍之我见》及《开展青春期性知识和性道德的教育刻不容缓》等多篇论著。1982年他主持编译的《性医学》一书出版，对中国性学发展起了推动作用。90年代他为《中国大百科全书.现代医学》撰写了条目《性教育》。在性教育中，他主张知识教育和道德教育并重，在进行知识教育时不要对青少年造成负面影响。他坚决反对所谓的“性开放”，主张查禁黄色淫秽书刊，主张以科学的性知识和健康的性道德教育取而代之，使中国的青少年健康成长，使中国人民生活更幸福。

    他曾发表医学论文150篇，编著医学书籍21部，其中13部为主编，如《泌尿外科学》（1963年、1978年）、《外科学》（1978年）、《黄家驷外科学》（1986年）、《肾脏病学》（1987年）。（卢一龙 郭应禄）

    1980年当选为中国科学院院士（学部委员）。